Jest młodsza o 5 lat od bliźniaczej synagogi Wysokiej na krakowskim Kazimierzu. Została zbudowana w 1568 r. w stylu renesansowym, z inicjatywy burmistrza „Żydowskiego Miasta” w Pradze - Mordechaja Maisela (który też zbudował przylegający obok żydowski ratusz).
Synagoga jest dziś czynnym domem modlitewnym.
Mieści się w niej również odział Muzeum Żydowskiego.
Synagoga różni się od innych. Do większości synagog, w tym do sąsiedniej synagogi Staronowej, schodzi się schodami w dół. Od średniowiecza, w chrześcijańskiej Europie istniał nakaz, aby "świątynie" żydowskie nie przewyższały domów mieszkalnych. Żydzi chcąc uzyskać wysoką salę modlitewną, obniżali w niej podłogę nawet o kilka metrów.