O utworzenie odrębnej parafii w Zakopanem starali się głównie nowi właściciele dóbr zakopiańskich - Klementyna ze Sławińskich Homolacz z mężem Edwardem. Dekretem z dnia 27 sierpnia 1845 zostały określone granice parafii obejmujące Zakopane wraz z Olczą i Kościeliskiem. Pierwszym proboszczem był ks. Józef Stolarczyk, prawdziwy apostoł Zakopanego, postać niezwykle barwna, która do dzisiaj żyje w pamięci parafian.
W roku 1847 przy ulicy Kościeliskiej zbudowano mały, drewniany kościół pod wezwaniem
św. Klemensa. Roboty prowadził cieśla Sebastian Gąsienica Sobczyk. Ołtarze wykonał Wojciech Kołach z Gliczarowa. W latach 1850 -51 powiększono kościół i dobudowano wieżę. Z biegiem czasu okazał się on za szczupły dla coraz większej liczby parafian i licznych gości przybywających do Zakopanego. W 1870 roku było ponad 3000 parafian.