Datowany jest on na początek XIV wieku, jednak niektórzy historycy sztuki dopatrują się w nim fragmentów XIII wiecznych. Miał bowiem powstać z przebudowy wcześniejszej stojącej w tym miejscu budowli. Na pewno fundacja świątyni wiąże się z ówczesnymi właścicielami miejscowości – rodziną Berzeviczy, których herb umieszczono na zworniku sklepienia. W XIV wieku opiekę nad kościołem sprawowali kartuzi z niedalekiego Czerwonego Klasztoru.
Od połowy wieku XVI przez przeszło sto lat świątynia pełniła funkcję zboru protestanckiego, jako, że właściciele wsi przeszli na to właśnie wyznanie. Z czasem została jednak przywrócona do kultu katolickiego.
Największa tragedia nawiedziła budowlę w 1900 roku, kiedy pożar strawił dach oraz wieżę. W trakcie odbudowy przywrócono ich oryginalny wygląd.
W architekturze kościoła widoczne są przede wszystkim elementy gotyckie. Świadczą o tym Ostrołukowe okna i portale, krzyżowo – żebrowe sklepienie prezbiterium czy skarpy przy ścianach. Wewnątrz odkryto pozostałości polichromii z początku XV wieku przedstawiającej scenę Ukrzyżowania oraz cykl Dziesięciu Przykazań Bożych i Siedmiu Grzechów Głównych.
Wyposażenie kościoła jest późniejsze. Ołtarz główny powstał w stylu barokowym, zaś ołtarze boczne są rokokowe. Na ścianie zobaczyć można niezwykle cenne części gotyckiego tryptyku z tak zwanej szkoły sądeckiej przedstawiające sceny z życia świętego Bartłomieja.
Kościół w Niedzicy należy do najstarszych w regionie i jego odwiedzenie jest wspaniałą lekcją historii tych okolic.
