Parafia w Nawojowej powstała przed 1325 r. Z tego też czasu pochodzi wzmianka o pierwszym, niewątpliwie drewnianym kościele, który został rozebrany przed 1596 r. Drugi z kolei drewniany zbudowany został w 1596 r. z fundacji Piotra Nawojowskiego. Kościół ten przetrwał do 1895 r. kiedy to został rozebrany aby ustąpić miejsca murowanej świątyni. Obecny kościół zbudowany został w latach 1894-98 z fundacji hrabiego Edwarda Stadnickiego i jego żony Heleny. Autorem projektu kościoła był inżynier Władysław Chorąży z Nowego Sącza. Konsekracji kościoła dokonał biskup tarnowski Ignacy Łobos w 1898 r.
dwa ołtarze wczesnobarokowe z 2. poł. XVII w., współczesna im ambona, dwa krucyfiksy barokowe, liczne obrazy m.in. MB z Dzieciątkiem, włoski z XV/XVI w. oraz renesansowa płyta nagrobna Piotra Nawojowskiego, właściciela wsi, wykonana z czerwonego marmuru, z leżącą postacią rycerza. Organy 10-głosowe wykonane najprawdopodobniej w 1823 r. przez Jana Baranowskiego początkowo zostały przeniesione do nowego kościoła, a następnie do Maciejowej.
