W połowie XIX wieku kościół ten nie nadawał się już do remontowania, gdyż był bardzo zniszczony. Dlatego też ówczesny proboszcz ks. Jakub Janczy powołał komitet budowy nowego kościoła. Postanowiono wybudować kościół murowany. Ponieważ koszty budowy kościoła z cegły były bardzo wysokie, zdecydowano się na wybudowanie świątyni z kamienia, którego w okolicy nie brakowało. Kościół wybudowano w 1895 roku pod kierunkiem inżyniera Ludwika Kurkiewicza i majstra murarskiego Tarczyńskiego z Bochni. Pierwszą Mszę św. odprawił w nim, w 1896 r. proboszcz ks. Janczy. Natomisat uroczystość konsekracji tego kościoła odbyła się dziesięć lat później, w czerwcu 1906 roku, a uczestniczył w niej ks. bp Leon Wałęga.
Kościół posiada trzy nawy: główną z ołtarzem ufundowanym przez Feliksa Armatowicza (dziedzica Łąkty Górnej, dwie nawy boczne z ołtarzami ufundowanymi przez parafian. Ołtarze te wykonano w pracowni Reifessera w Tyrolu. Uporządkowaniem i urządzeniem wnętrza kościoła zajął się następca Janczego - ks. dr Stanisław Dutkiewicz. Do urządzenia nowego kościoła wykorzystał część wyposażenia ze starego kościoła; np. ambonę z figurą św. Michała Archanioła. Wiele zasług dla urządzenia kościoła ma artysta rzeźbiarz Jakub Juszczyk (rodak z Żegociny). Jego autorstwa są m. in. bogato rzeźbiony ołtarz z figurą Matki Boskiej, ozdobne ławy w prezbiterium (stalle) z płaskorzeźbami polskich świętych oraz portrety proboszczów Janczego, Dutkiewicza, Pawickiego i Bacha znajdujące się w lewej zakrystii.
W ołtarzu głównym znajduje się figura Serce Pana Jezusa, nad nią figura patrona kościoła - św. Mikołaja, po bokach figury św. Kazimierza i błogosławionego Szymona z Lipnicy. Przed ołtarzem głównym znajdują się dwa pilastry podtrzymujące tęczę z gotyckimi rzeźbami Pana Jezusa na Krzyżu, Matki Boskiej i św. Jana, przeniesione tu ze starego kościoła. Na bocznych ścianach nawy głównej znajdują się wykonane w Monachium rzeźby Drogi Krzyżowej. Natomiast na ścianach nawy głównej namalowano, staraniem proboszcza Wojciecha Białasa (był proboszczem w latach 1947 - 1982) sceny z życia św. Mikołaja. W nawie lewej, od strony zachodniej) znajduje się ołtarz z obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej (z XVIII w.), a z prawej ołtarz z figurą św. Józefa. Inne, cenne zabytki tego kościoła to wspomniany już dzwon z 1536 r. zabytkowe ornaty oraz kamienna chrzcielnica z l połowy XIZ wieku. W kościele znajdują się także zabytkowe organy, które zakupił ks. Dutkiewicz za pieniądze uzyskane ze sprzedaży trzech ołtarzy ze starego kościoła. Dwa pozostałe dzwony kościelne ufundowali parafianie w 1922 roku. Wieża kościoła została przebudowana w 1931 r.
