Za to wnętrze kryje w sobie jedne z cenniejszych polichromii późnorenesansowych w Polsce. Polichromie okryto stosunkowo niedawno, podczas remontu kościoła. Pochodzą z przełomu XVI i XVII wieku. Wyróżnia je intensywna kolorystyka z przewagą czerwieni, błękitu i zieleni. Są to głównie motywy ornamentalno- roślinne. Z motywów figuralnych zwracają uwagę medaliony z wizerunkami apostołów i ojców Kościoła a na ścianie tęczowej scena Sądu Ostatecznego. W tej chwili trwa renowacja malowideł.
Warto także wspomnieć o umieszczonym nietypowo, bo za mensą ołtarza głównego, na ścianie wschodniej prezbiterium, piętrowym nagrobku wojewody krakowskiego Stanisława Myszkowskiego i jego żony Jadwigi, powstałym w XVI wieku. Szkoda, że takie usytuowanie nie sprzyja dobrej widoczności nagrobka
.