Strażnicy Czasu

Także epoka renesansu zaznaczyła swoją obecność w kościele.

W kaplicy św. Jana Chrzciciela znajdują się piękne płyty nagrobne z brązu z postaciami Zofii i Seweryna Bonerów, pochodzące z XVI wieku a odlane, prawdopodobnie, w słynnym norymberskim warsztacie Hansa Vischera.

Jednym z piękniejszych zabytków jest architektoniczne cyborium ( nadbudowa ołtarza) z 1536 roku autorstwa znanego włoskiego rzeźbiarza Jana Marii Padovano. Cyborium pierwotnie znajdowało się w katedrze na Wawelu i jest jedynym tego typu zabytkiem w Polsce i jednym z nielicznych renesansowych cyborium w Europie. Przed tym cyborium Tadeusz Kościuszko w 1794 roku ponowił swoją przysięgę powstańczą.

Inne zabytki z tej epoki to dwa monumentalne nagrobki przyścienne bogatych rodzin mieszczańskich pochodzenia włoskiego Cellarich i Montelupich. Nagrobki te, usytuowane w prezbiterium, są swoistą galeria przodków z licznymi popiersiami zmarłych. Na ścianach zachowało się także wiele manierystycznych, choć skromniejszych epitafiów.

W kilku kaplicach można zobaczyć nagrobki z lezącymi postaciami zmarłych - nawiązujące do renesansowych nagrobków ostatnich Jagiellonów w katedrze na Wawelu.

Z renesansem związane jest także powstanie ciekawego balkonu usytuowanego na ścianie od południa, w pobliżu kruchty zachodniej. Jego autorem jest znany architekt królewski Bartłomiej Berrecci - twórca Kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu.

Niedaleko balkonu wisi tzw. " dzwonek za umarłych" - jeden z trzech zachowanych w Krakowie .

Także na elewacji południowej umieszczony został w latach 50-tych XX wieku zegar słoneczny wykonany w technice graffitti przez Tadeusza Przypkowskiego.

Na zewnątrz przy ścianie północnej wmurowano tablicę, upamiętniającą śmierci strażaka hejnalisty w 1901 roku podczas wygrywania hejnału.

Przy bocznym wejściu do świątyni znajduje się na ścianie rzeźba współczesnego artysty Czesława Dźwigaja "Grupa Ukrzyżowania". Artysta ten zasłynął głównie jako autor licznych pomników papieża Jana Pawła II oraz bardzo różnie odbieranej przez krakowian rzeźby Piotra Skargi na placu św. Magdaleny .