Także epoka renesansu zaznaczyła swoją obecność w kościele.
W kaplicy św. Jana Chrzciciela znajdują się piękne płyty nagrobne z brązu z postaciami Zofii i Seweryna Bonerów, pochodzące z XVI wieku a odlane, prawdopodobnie, w słynnym norymberskim warsztacie Hansa Vischera.
Jednym z piękniejszych zabytków jest architektoniczne cyborium ( nadbudowa ołtarza) z 1536 roku autorstwa znanego włoskiego rzeźbiarza Jana Marii Padovano. Cyborium pierwotnie znajdowało się w katedrze na Wawelu i jest jedynym tego typu zabytkiem w Polsce i jednym z nielicznych renesansowych cyborium w Europie. Przed tym cyborium Tadeusz Kościuszko w 1794 roku ponowił swoją przysięgę powstańczą.
Inne zabytki z tej epoki to dwa monumentalne nagrobki przyścienne bogatych rodzin mieszczańskich pochodzenia włoskiego Cellarich i Montelupich. Nagrobki te, usytuowane w prezbiterium, są swoistą galeria przodków z licznymi popiersiami zmarłych. Na ścianach zachowało się także wiele manierystycznych, choć skromniejszych epitafiów.
W kilku kaplicach można zobaczyć nagrobki z lezącymi postaciami zmarłych - nawiązujące do renesansowych nagrobków ostatnich Jagiellonów w katedrze na Wawelu.