Kościół znajduje się na końcu ul.Grodzkiej, w miejscu, gdzie zazwyczaj pod słońce otwiera się widok na wyniosłe budowle wzgórza wawelskiego.
Jest małym, jednonawowym kościołem gotyckim, zbudowanym w pierwszych latach panowania króla Kazimierza Wielkiego.
O kościele istnieje historyczne podanie, które sugeruje jego wcześniejszy, romański rodowód.
Gal Anonim: „Książę Władysław Herman, władca Polski, na próżno oczekiwał przez rok spełnienia celu małżeństwa z Judyty, córki Władysława króla czeskiego, zaślubionej mu w roku 1083. Chociaż sypano liczne jałmużny, a dwór dla modlitw i postów stał się klasztorem, królowa brzemienną nie zostawała. Lambert biskup krakowski doradził małżonkom, by udać się z prośbami do grobu św. Idziego, którego ciało w klasztorze Benedyktynów we Francyi spoczywało i cudami słynęło. Z porady biskupiej wyprawiono tamże poselstwo z wielkiemi podarunkami i listem królewskim. Obdarowani zakonnicy odbyli post trzydniowy. Modły przyniosły żądany skutek. Królowa w przeciągu tej trzydniówki poczęła syna, który po zrodzeniu otrzymał na chrzcie imię Bolesław, a nazwany był Krzywoustym. Narodzenie Bolesława uznano za cud spełniony przez św. Idziego i stawiano mu w Polsce kościoły”.
Jan Długosz: „W roku 1086, Władysław Herman, dziękczyniąc za urodzenie się jego syna Bolesława, wystawił w Krakowie kościół św. Idziemu i uposażył go funduszem na utrzymanie pewnej liczby kanoników”.
Niestety - współczesne badania nie potwierdzają znajdujących się pod kościołem, jakichkolwiek pozostałości po romańskich murach.