Początki osady sięgają początków chrześcijaństwa w Polsce. Stary Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego podaje datę 1014 rok.
Miejscowość położona jest przy sławnej historycznej drodze "Via Magna" z Węgier do Opatowca i Wiślicy, w Kotlinie Sądeckiej. Nieopodal Poprad wpada do Dunajca. Podegrodzie to dawna stolica Lachów Sądeckich.
Parafia Podegrodzie, która należy do najstarszych w diecezji tarnowskiej, powstała prawdopodobnie w XI wieku. Pierwsza wzmianka pochodzi z 1310 roku. Kardynał Zbigniew Oleśnicki w 1448 roku powierzył na stałe duszpasterstwo w parafii prałatowi archidiakonowi kolegiaty św. Małgorzaty w Nowym Sączu. Od 1791 roku ponownie w parafii rezydują proboszczowie.
Kościół parafialny pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła Starszego, został zbudowany w latach 1830 - 1835 na miejscu dawnego kościoła, który spłoną wraz plebanią w 1822 roku.